据台湾媒体报道，M503航线距离台湾海峡中线仅有7.8公里，台方担忧，该航线开启后恐危及台湾往返金门、马祖的飞航安全，台湾空防更可能受到冲击。但据中国大陆民航局表示，该航线为民航航线，大陆空管部门与台湾方面会保持技术性沟通。

M503航线在马英九时期就已规划，当时经由两岸反复协商，只开通了该航线由北至南的飞行，现在开启由南向北的飞行线路，同时补上福建几个城市与该航线的连接线，使得M503航线得以设置完整，全面运行。

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